Всех слоев развалин в месте, где копал Шлиманн, было девять, соответственно 9 поселениям, стоявшим там в различные эпохи. Второй город, считая снизу, носил следы большого пожара, и Шлиманн поспешил отожествить это поселение с Троей Гомера. Позднейшие, более внимательные наблюдения (сотрудника Шлиманна, Дерпфельда, и др.) признают за город той эпохи, которая изображена у Гомера, шестой по счету (т. е. 4-ый сверху). Стремительно углубляясь в землю, Шлиманн не только проглядел следы этого города, но и многое в нем безвозвратно разрушил кирками своих рабочих. Мечтатель-миллионер, действительно, нашел Илион, но прошел мимо него; в самом деле, открыл нечто значительное, даже поразительное, но истолковал его совершенно неверно. Подлинная Приамова Троя, которую Шлиманн пренебрежительно обошел, была изучена уже впоследствии. Памятники же, им открытые и отожествленные с различными свидетельствами Гомера, получили позднее иное толкование, которое придало им новое, быть может, гораздо более важное значение, нежели ожидал Шлиманн.
Когда историки ближе всмотрелись в результаты раскопок, произведенных Шлиманном и его сотрудниками, стало несомненно, что новооткрытые памятники не только не стоят в полном соответствии с данными Гомера, но во многом расходятся с ними и прямо им противоречат. Одно из расхождений было особенно разительно. Из «Илиады» и «Одиссеи» хорошо известны погребальные обычаи эпохи: умершего сожигали на костре из благовонных дерев и потом на месте костра насыпали курган. Раскопки Шлиманна обнаружили, напротив, роскошные усыпальницы, подобие египетских пирамид; покойника хоронили в земле или склепе, бальзамируя тело, на лицо возлагая золотую маску. Между тем, обряд погребения всегда, у всех народов, остается неизменным в течение весьма долгого времени: такие обычаи видоизменяются лишь веками. Помимо того, раскопки свидетельствовали о жизни гораздо более сложной, нежели быт героев Гомера: о более высокой технике в обработке металлов, о сношениях с заморскими странами, в частности с Египтом, о высшей ступени, достигнутой искусством, о более обширных научных познаниях, например, в математике, о несомненном употреблении письмен, не упоминаемых Гомером (кроме одного глухого намека о «гибельных знаках»). Чем больше накоплялось фактов, относящихся к культуре, впервые открытой Шлиманном, тем становилось неоспоримее, что она решительно отлична от Гомеровой и вообще раннеэллинской.
Необходимо было признать, что дело идет не о той или другой стадии эллинской цивилизации, но о культуре другого происхождения и другого народа. Когда это выяснилось вполне (в 90-х годах прошлого века), — установились наименования «микенская культура», «микенские древности», определяющие обособленность вновь открытой цивилизации, но не предрешающие решения вопроса об ее происхождении. Вопрос этот продолжал оставаться загадкой.
Разгадку, или намек на разгадку, получила наука уже только в самом конце XIX века, благодаря раскопкам на Крите. Они были задуманы и намечены еще Шлиманном, но ему не удалось получить соответствующее разрешение у турецкого правительства. Только критская революция 1897 г. сделала возможной научно-археологическую работу на острове. Честь начать ее, успешно повести и достигнуть блестящих результатов выпала на долю Артура J. Эванса, который с 1900 г. предпринял систематические раскопки в разных местах Крита и открыл на нем центр и область высшего развития той самой культуры, проявления которой ранее были обнаружены Шлиманном в Греции и Малой Азии. Между прочими замечательными открытиями Эванс раскопал на острове своеобразные дворцы-лабиринты, служившие резиденциями критских государей, и в их числе — наибольший, так называемый Кносский лабиринт, который был известен античной древности под названием вообще лабиринта «критского» (в отличие от египетского). В этом случае традиция, предание еще раз одержали победу над научным скептицизмом. Размеры и характер Кносского лабиринта оказались вполне соответствующими рассказам об нем, сохранившимся у античных историков и в эллинских мифах. Между тем, новая наука упорно не хотела допускать реальное существование критского лабиринта, и ученые уверенно утверждали, что если и существовало на Крите строение, подавшее повод к мифам о Дедале, Минотавре, Пасифае, Тесее, Ариадне и др., то, конечно, оно имело мало общего с рассказами Геродота, Овидия и других доверчивых писателей древности. Наперекор этим неосторожным утверждениям, критский лабиринт предстал пред глазами исследователей, как предстала ранее Гомерова Троя. Миф опять оказался фактом; от баснословного здания нашлись стены, колонны, лестницы, балюстрады, и современные археологи стояли, быть может, в той самой зале, где когда-то царевич Тесей разил Минотавра.
Свидетельства раскопок были бесспорны.
Наука должна была признать, что на европейской почве, в Греции и на Крите, захватывая и побережье Малой Азии, процветала самостоятельная культура, предшествовавшая эллинской и не представляющая собою ее ранней стадии, напротив того, — стоявшая на более высокой ступени развития. Эта культура получила названия, также не касающиеся ее сущности, — «крито-микенской», в знак общности памятников Крита и Микен, или «эгейской», так как следы ее обнаружены преимущественно по побережью Эгейского моря, или еще «минойской», по имени легендарного критского царя Миноса (что было, по-видимому, не собственным именем, но титулом критских государей). Определение хронологических дат этой вновь открытой культуры досталось, конечно, не сразу, но, в конце концов, было установлено, что начало эгейской цивилизации теряется в отдаленнейшем прошлом, а расцвет ее совпадает с расцветом культур египетской и древнемесопотамских.